Agrégé des Universités (major, concours 1990), Lionel Fontagné est Conseiller à la Direction de l’Economie et de la Coopération Internationales de la Banque de France, en détachement de l’Université Paris I Panthéon-Sorbonne et de l’Ecole d’Economie de Paris. Il a dirigé le Centre d’Etudes Prospectives et d’Informations Internationales (CEPII), de 2000 à 2006.

Il est également conseiller scientifique au CEPII (Paris) et Research Fellow du CESifo (Munich).

Il a été membre du Conseil d’Analyse Economique (CAE) de 2001 à 2010 et de 2012 à 2016, Directeur du Centre d’Economie de la Sorbonne (UMR 8174 du CNRS) de 2014 à 2018, Professeur à temps partiel à l’Institut Universitaire Européen de Florence, Professeur suppléant à l’Université Libre de Bruxelles, Professeur à l’Université de Nantes, et consultant auprès de la Banque de France, du Centre du Commerce International (CNUCED-OMC, Genève), du Centre de développement de l’OCDE, de la Direction pour l’Industrie la Science et la technologie de l’OCDE, de la Banque mondiale et des Ministères français et luxembourgeois des finances.

Auteur de nombreuses études sur les questions de commerce international, sur les politiques commerciales, ainsi que sur commerce et environnement, il a reçu en 1999 le prix du meilleur article décerné par Open Economies Review pour sa contribution au débat sur les zones monétaires optimales. En 2008 il a reçu une citation d’excellence Emerald Management Reviews pour sa contribution à la compréhension de l’impact de la concurrence des pays émergents. En 2007, puis en 2018, il a reçu la distinction de Research Fellow du Global Trade Analysis Project (GTAP, Purdue University). En 2023 il a rejoint le GTAP Research Fellow Hall of Fame en reconnaissance de ses contributions à l’analyse des politiques commerciales.