Scholastique Mukasonga est née au sud-ouest du Rwanda au bord de la rivière Rukarara dont la source est considérée comme la source du Nil la plus éloignée. En 1959, éclatent les premiers pogroms contre les Tutsi. En 1960, sa famille est déportée, avec beaucoup d'autres Tutsi, à Nyamata au Bugesera une région de brousse alors très inhospitalière. Elle réussit à survivre en dépit des persécutions et des massacres à répétition. Malgré le quota qui n'admettait que 10% de Tutsi dans les établissements secondaires, rentre au lycée N- de Citeaux à Kigali puis à l'école d'assistante sociale à Butare. En 1973, les élèves tutsi sont chassés des écoles et les fonctionnaires de leurs postes. Elle part en exil au Burundi pour échapper à la mort. Elle achève ses études d'assistante sociale au Burundi et travaille ensuite pour l'UNICEF. Elle arrive en France en1992 et passe à nouveau le concours d'assistante sociale, le diplôme burundais n'étant pas reconnu par l'administration française. De 1996 à 1997, elle est assistante sociale auprès des étudiants de l'université de Caen. De 1998 à ce jour, elle exerce la fonction de mandataire judiciaire auprès de l'Union départementale des Associations familiales du Calvados (UDAF)
En 1994, 37 membres de sa famille sont assassinés durant le génocide de Tutsi. Il lui faut dix ans pour trouver la force de retourner au Rwanda (2004). C'est à la suite de ce séjour qu'elle se sent la force d'écrire son premier livre, une autobiographie Inyenzi ou les Cafards. Sa traduction américaine, par Jordan Stump, Cockroaches, a été nominée pour le 2016 Los Angeles Times Book Prize for Autobiographical Prose Category. Lui succèdent La Femme aux pieds nus (2008) qui reçoit le Prix Seligmann de la Chancellerie des Universités de Paris contre le racisme et l'intolérance. Suit un recueil de nouvelles, L'Iguifou, (2010) couronné par prix Paul Bourdarie 2011 de l'Académie des Sciences d'Outre-Mer et par le prix Renaissance de la nouvelle. Son roman, Notre-Dame du Nil, obtient le prix Ahmadou Kourouma à Genève, le prix Océan France Ô et le Renaudot en 2012. La traduction américaine Our Lady of the Nile est sélectionnée dans les dix meilleurs romans pour le Dublin Literary Award et dans la shortlist du prix Emerging Voices du Financial Times. Elle publie en 2014 un nouveau recueil de nouvelles Ce que murmurent les collines qui obtient le prix de la Société des gens de lettres (SGL) 2015 pour la nouvelle. Son roman, Coeur Tambour sort en janvier 2016, dans la Collection Blanche des éditions Gallimard. En mars 2018, elle publie un ouvrage autobiographique Un si beau diplôme. En mars 2020, un nouveau roman Kibogo est monté au ciel est publié toujours dans la collection blanche de Gallimard.
Le prix Bernheim de la fondation du Judaïsme lui est décerné en 2015 pour l'ensemble de son oeuvre.
En juin 2017, lui est attribué à Copenhague le prix des Ambassadeurs francophones.
En 2019, Cockroaches est sélectionné par le New York Times parmi les 50 meilleurs récits autobiographiques de ces 50 dernières années.
The Barefoot Woman fait partie des cinq finalistes du National Book Award.
Scholastique Mukasonga a été faite Chevalier des Arts et des Lettres.
