Au cours de sa carrière, Mary Whelan a exercé diverses fonctions, notamment: Ambassadrice aux Pays-Bas (2009-2014); Directrice générale, Division de la promotion de l’Irlande à l’étranger au siège (2006-2009); Représentante Permanente auprès des Nations Unies à Genève (2001/2006); Directrice générale, directrice de la campagne pour le siège au Conseil de sécurité des Nations Unies, Ministère des Affaires Etrangères d’Irlande MAEI (1998-2001); Directrice générale, Division de l'administration et des services consulaires, MAEI (1995-1998); Conseillère, Division politique des Nations Unies et du Moyen-Orient, MAEI (1994-1995); Détachée auprès du Ministère du Commerce et du Tourisme (1993-1994); Conseillère, Division économique /recette en devise, MAEI (1991-1993); Première secrétaire, Division anglo-irlandaise, MAEI (1990-1991); Première secrétaire, Mission Permanente de l'Irlande auprès des Nations Unies, Genève (1985-1990); Première secrétaire, Section du personnel, MAEI (1981-1985); Première secrétaire, Division politique, MAEI (1976-1981); Troisième secrétaire, Ambassade d'Irlande à Washington (1974-1976); Troisième secrétaire, MAEI (1973).

En tant qu’ambassadrice de l’Irlande en Autriche, elle a également été nommée nouvelle représentante permanente de l’Irlande auprès des Nations Unies pour le développement industriel, à Vienne.

Elle est titulaire d'une maîtrise en histoire contemporaine internationale de la nouvelle université d'Ulster à Coleraine, au Royaume-Uni, et d'une maîtrise en gestion stratégique du Trinity College de Dublin, en Irlande.