De 2002 à 2007, Pierre de Bousquet de Florian a dirigé la Direction de la Surveillance du Territoire chargée du contre-espionnage et de la lutte-antiterroriste. En janvier 2009, il est nommé préfet hors classe, préfet du Pas-de-Calais. En 2012, il est nommé préfet de la région Haute-Normandie et préfet de la Seine-Maritime de la région Languedoc-Roussillon et préfet de l'Hérault. En juin 2016, il est nommé PDG de Civipol Conseil. 

En 2017, il est nommé Coordonateur national du renseignement et de la lutte contre le terrorisme par le Président Emmanuel Macron lors du Conseil des ministres du 29 juin 2017. Il sera entouré d'une quinzaine d'analystes issus des ministères de l'Intérieur, de la Défense, de la Justice et du secteur privé. Il participera au Conseil de Défense tous les mercredis à l'Élysée et sera chargé de fluidifier la réactivité et l'information auprès du Président de la République.